De Sint Baafskerk is het oudste gebouw van Aardenburg.
De kerk werd gesticht door monniken van de Sint Baafsabdij uit Gent in 959. In het oudste deel van de kerk vindt u bouwmateriaal dat vermoedelijk afkomstig is van het Romeinse Castellum uit de jaren 175 tot 270 na Christus.

In de dertiende eeuw werd de kerk uitgebreid in een stijl
die een overgang vormt tussen de Romaanse en Gotische
bouwstijl: de ‘Scheldegotiek’. Halverwege de veertiende
eeuw werd de kerk nogmaals uitgebreid, in ‘Hoog-Gotische
stijl’. Vanaf de veertiende eeuw tot de reformatie werd de kerk herhaaldelijk beschadigd door diverse strijdende
partijen en in 1582 werd nog door de Fransen het lood van
de kerk geroofd.
In de zeventiende eeuw waren een aantal grote restauraties
nodig omdat, de inmiddels Hervormde kerk, veel te lijden
had gehad van de Tachtigjarige Oorlog. Tijdens deze restauraties werd een gevelsteen geplaatst met het jaartal
1646 en daarboven het wapen van de generaliteit. Bij deze restauratie werd ook bouwmateriaal gebruikt van de andere Aardenburgse kerk ‘de Mariakerk’.

In de Tweede Wereldoorlog werd de Sint Baafskerk opnieuw getroffen door oorlogsgeweld. In de periode daarna volgde de laatste grote restauratie. Tijdens deze restauratie werden grafzerken van de Mariakerk ontdekt, die ondersteboven als stoeptegels waren gebruikt. Bij het
opnieuw uitgraven van de vloer stuitte men op een aantal
beschilderde grafkelders uit de dertiende en veertiende eeuw. Een aantal hiervan werden in een betonnen kist
gegoten en deze sarcofagen staan in de kerk opgesteld.
Bijzonder is de sarcofaag voorstellende Sint Sebastiaan,
beschermheilige van onder andere de schutters.

Aan de noordzijde van de kerk bevindt zich het Romeins
museum. Het museum en de Sint Baafskerk werken samen.
Er is een bijzondere VR-presentatie te zien in de kerk over
de geschiedenis van de kerk van het jaar 959 tot 1672.