Dit kerkje was in 1674 het begin van het dorp Waterlandkerkje. Het werd gebouwd op de grens van drie polders, waar twee dijken samen kwamen. De Hervormde Gemeente in deze polders bestond al eerder. Eerst kwam men samen in een voormalige Katholieke Kerk, die tijdens de Tachtigjarige Oorlog (1568-1648) in verval geraakt was. Deze kerk stond 4 km naar het zuiden, dicht bij de tegenwoordige Belgische grens. De predikant was dominee Johannes Stuerbout. Tijdens een kerkdienst werd hij door acht militairen van het Spaanse bezettingsleger in de Zuidelijke Nederlanden aangevallen en mishandeld. Twee maanden later stierf hij aan de verwondingen. Zijn overvallers hadden hem het linkeroor afgesneden. Zijn standbeeld bij de tegenwoordige kerk is in 1984 gemaakt door pastoor Omer Gielliet uit Breskens.

Het dorpje dat om de kerk ontstond bleef heel klein. Als er geen kerk had gestaan hadden we van een gehucht gesproken. In 1751 waren er maar vijf huizen in het dorp. Bij de kerkelijke gemeente hoorden verder niet meer dan zeven boerderijen in de omtrek. In het geheel telde de kerk veertig leden. Maar er was een schooltje met een schoolmeester, die bij de kerkdiensten als voorzanger optrad. Zo begon het dorpje, dat niet eens een naam had, maar “’t Kerkje” genoemd werd (en wordt!), toch een zekere centrumfunctie te vervullen voor de omliggende polders.

Windwijzer wordt gemeentewapen
De twee elementen van de naam Waterland zijn treffend gesymboliseerd in de windwijzer, en ook de geschiedenis van overstromingen in de streek door stormrampen en door het onder water zetten door oorlogshandelingen. Geen haan, maar een zeemeermin liet zien uit welke hoek de wind waaide. Toen Waterlandkerkje in 1796 als een zelfstandige burgerlijke gemeente werd afgesplitst van IJzendijke en Oostburg, kwam de liggende meermin in het gemeentewapen. Later is de zeemeermin van de torenspits verdwenen, en Waterlandkerkje is geen burgerlijke gemeente meer maar hoort bij de Gemeente Sluis. De zeemeermin vinden we in de kerk nog terug in het koperwerk van de Bijbel-lezenaar.

Monumentenzorg
In 1958 was het kerkgebouw zo vervallen geraakt dat er zelfs over opheffing van de kerkelijke gemeente gedacht werd. Als tijdens een vergadering van de kerkenraad een van de leden niet met de vuist op tafel had geslagen was het misschien wel zo ver gekomen. Maar met een beroep op het dappere verleden van Waterlandkerkje kon in de omgeving voldoende geld worden ingezameld om met de restauratie te beginnen. Monumentenzorg zorgde voor het ontbrekende deel.

Stichting Oude Zeeuwse Kerken en vrijwilligers
Sinds 2001 is het kerkgebouw overgenomen door de Stichting Oude Zeeuwse Kerken. Sinds die tijd vinden er elk jaar tentoonstellingen en concerten plaats in de kerk, die door de vrijwilligers van de plaatselijke stichting worden georganiseerd. Zij zorgen ervoor dat de kerk open blijft en ook wordt gebruikt voor kerkdiensten, bruiloften en uitvaarten, en dat het gebouw kan worden gehuurd voor speciale gelegenheden. In 2024 hoopt het dorp het 350-jarig bestaan van dit historische pareltje in onze mooie gemeente met trots te kunnen vieren.

Het is een bescheiden bakstenen zaalkerk gedekt met een schilddak en voorzien van een open dakruiter die in 1858 vernieuwd werd. Hierin hangt een klok van 1720, die gegoten werd door Jan Albert de Grave.

1x per maand kerkdienst, zomerexposities, zomer avondconcerten aan zee e.a. concerten. De kerk kan ook gehuurd worden voor huwelijken, afscheidsdiensten etc.